Collie-online - Base de Pedigrees/Pedigree database

 

AVK, COI, des indicateurs de santé génétique.

 

"La majorité des éleveurs pense agir en faveur de la conservation, à partir du moment où ils ne croisent que des chiens de pure race. Quant à l’amélioration, la plupart des éleveurs pensent aussi qu’ils peuvent y arriver, en laissant les « meilleurs » chiens contribuer le plus possible à la reproduction des générations futures. Ils pensent aussi que cette approche permet d’éradiquer les problèmes de santé et de bien-être chez les chiens de race. La réalité de l’élevage est cependant toute différente. Le fait est qu'en dépit de tous nos efforts, le pourcentage d’animaux souffrant de troubles héréditaires semble ne cesser d’augmenter, et non pas de diminuer. Toutes nos tentatives pour améliorer la santé et le bien-être de la population des chiens de race via cette sélection, aboutit quasiment au néant."
Ces propos alarmants du Ir. Ed. J. Gubbels, généticien, ont été tenus lors d'une conférence qu'il a animée au cours de la Mondiale d'Amsterdam en 2002.

Il serait tentant, et intéressant, de surveiller, ou tout au moins d'appréhender ces facteurs de danger causés par le niveau de consanguinité des chiens de race.
En 150 ans d'élevage en isolats au sein des différentes races (Plus de 400 répertoriées par la FCI), nous avons réussi à faire émerger près de 600 maladies génétiques à prédispositions raciales.
Eleveurs et clubs doivent avoir conscience que leur race, sur un plan génétique, est fragile.
Chaque isolat a permis de façonner les races telles que nous les connaissons aujourd'hui. Cette évolution s'est faite par une pression sélective qui a provoqué une augmentation de la consanguinité globale de la race. La consanguinité provoque un accroissement de la fréquence des homozygotes, et une diminution de la fréquence des hétérozygotes (fréquences génotypiques).
L'effet le plus caractéristique étant une augmentation de la morbidité pour les maladies autosomiques récessives.
Des principes simples existent pour améliorer la santé génétique des chiens et sont à la portée de tous grâce à internet et à la capacité qu'ont les ordinateurs de faire des calculs répétitifs en une fraction de seconde.

Moyens dont dispose l'éleveur :


Et ce dont nous ne disposons pas :
Des indicateurs, comme l'AVK ou le COI, renseignent sur la santé génétique d'une population, ou d'un seul animal. Ils mettent l'accent sur les ancêtres et l'héritage par filiation, mais pas sur la constitution génétique réelle des individus constituant la race.
En effet, l'augmentation régulière de l'AVK depuis 20 ans montre qu'un brassage génétique est intervenu suite aux événements que nous avons identifiés dans le paragraphe consacré à l'AVK (voir ci-dessous).
Mais ce brassage génétique se fait de plus en plus avec des patrimoines génétiques de plus en plus proches les uns des autres. La consanguinité et les goulets d'étranglements (voir les conclusions en bas de page) en sont la cause.
Des études génétiques de masse permettent de donner une vision de cette constitution génétique d'une race, comme cette étude réalisée sur le Bulldog anglais qui semble arrivé au bout de son existence, au moins sur un plan génétique (voir les conclusions en bas de page et ici [4]).
Hors de notre portée, de telles études deviendront peut-être un jour nécessaires pour essayer de sauver toute race arrivée, comme pour le Bulldog, au bout de son chemin.
Il serait préférable de ne pas en arriver là.

 

AVK

Le coefficient de perte génétique AVK, une formule du Prof. Schlegel (Université de Vienne, Autriche), permet par un calcul simple d'évaluer la perte génétique globale d'une race. L'avantage de ce coefficient est sa facilité d'utilisation. De plus, il est bien corrélé avec l'indice de calcul de consanguinité beaucoup plus précis, mais aussi très complexe à mettre en œuvre.
Le coefficient AVK est le rapport entre le nombre d'ancêtres uniques, appelons-le A(unique), avec le nombre d'ancêtres qu'il y aurait si tous étaient différents, appelons-le A(total) pour un chien donné. Un résultat inférieur à 100% signifie qu'il y a eu perte de patrimoine génétique.

Un exemple:
Prenons un pedigree présenté sur 4 générations.
Il contient 30 cellules dans lesquelles Il y a au maximum 30 noms différents, et donc A(total) = 30.

Enlevons les noms qui apparaissent plusieurs fois pour ne garder que les noms uniques :

Comptons le nombre de noms qui restent, nous obtiendrons Au. Dans l'exemple ci-dessus, il y a 24 noms qui sont tous différents : A(unique) = 24.
Le coefficient AVK de ce chien sera AVK = A(unique)/A(total) = 24/30 = 0,8. Chiffre que l'on va multiplier par 100 puisqu'il s'agit d'un pourcentage. AVK = 80%

Le coefficient AVK, un indicateur simple pour étudier l'évolution génétique d'une race.
Une étude réalisée sur l'Azawakh en Europe [3] entre 1997 et 2001 a montré qu'il y avait une diminution régulière du coefficient AVK dans la population d'Azawakhs en France pour descendre sous 70%, un niveau jugé comme étant une limite à ne pas franchir. La solution étant l'apport de sang neuf par importation de chiens étrangers ou, pour des races à effectifs vraiment faibles, par croisement avec des chiens d'une race proche.


C'est ce que firent les Allemands dans les années 70. Confrontés au même problème de concentration génétique, ils retrouvèrent un bon niveau de diversité génétique par importation d'Azawakhs africains.


Et chez le colley ?
Même si les effectifs sont en diminution, le Colley à poil long reste une race importante : 700 naissances annuelles en France et en Angleterre, 600 en Allemagne, une centaine dans des pays comme la Suisse ou l'Autriche. La population totale de Colleys en Europe peut se situer autour de 50 000 individus.
Le calcul de l'AVK en moyenne annuelle fait sur 42 000 pedigrees (pedigree database collie-online) montre que, depuis la fin des années 90, il est sorti de la zone étroite de fluctuation dans laquelle il se situait (75% à 80%, avec un point bas à 74,54% en 1973) pour progresser régulièrement et atteindre en 2015 un chiffre de 87,5%.

Que penser de ces résultats ?
Rappelons la définition faite par le Pr Bernard Denis d'un animal non-consanguin :
"Ses parents n'ont pas d'ancêtres communs sur cinq générations."
(Bernard DENIS Professeur honoraire à l'Ecole vétérinaire de Nantes Président de la Société d'Ethnozootechnie)
Nos calculs d'AVK ont été réalisés sur 5 générations pour avoir une référence fiable qui est le chien non-consanguin (AVK = 100%).
Un AVK de 87,5% signifie qu'il manque, en moyenne, 8 ancêtres sur les 5 générations familiales de chaque Colley naissant actuellement.
Ce qui réduit mathématiquement le patrimoine génétique qu'il reçoit en héritage par rapport à celui qu'il recevrait si tous ses ancêtres étaient différents.
Comment expliquer la hausse régulière de l'AVK moyen depuis 1995 ?
Elle s'explique très probablement par un brassage plus rapide des gènes dans une population de Colleys élargie. L'ouverture des frontières en Europe(*) et l'arrivée d'internet, ont favorisé les échanges d'informations entre éleveurs, tout autant que les échanges de patrimoines génétiques par la multiplication des importations/exportations d'animaux, ou par des saillies réalisées avec des étalons se trouvant dans des pays éloignés de celui de l'éleveur.
(*) La convention de Schengen a été signée en 1990 ; celle-ci entra en application en 1995 pour 7 pays.
La Convention sera ensuite signée par les autres pays européens les années suivantes.

Et chez le Smooth Collie ?
Malgré la faible population de Smooth collies, l'AVK moyen calculé par année offre un profil évolutif identique à celui du Rough collie. Des chiffres remarquables pour un si faible effectif. A l'évidence, les éleveurs de Smooth font preuve d'un grand discernement dans leurs plans d'élevage. A noter également que la sélection des reproducteurs chez le Smooth ne se fait pas sur les mêmes éléments de considération que ceux retenus chez le Rough. Ceci explique aussi une plus faible pression sélective chez le Smooth.

 

 

 

 

COI (Coefficient Of Inbreeding)

Rappels utiles :

 

 

Le coefficient de consanguinité (COI) est la probabilité pour que les deux allèles que possède un individu en un locus donné soient identiques par descendance.
Ce qui suppose, bien entendu, que cet individu possède au moins 1 ancêtre commun qui aurait transmis le même allèle à ses 2 branches paternelle et maternelle.

S'agissant d'un gène diallélique (2 allèles différents comme dans la majorité des mutations génétiques), un individu A va transmettre à sa descendance, soit l'allèle a, soit l'allèle b.
La probabilité pour que B et C reçoivent le même gène de A est 1/2.
La probabilité pour que le gène A hérité par X soit le gène reçu par B de A est égale à (1/2)n1 (n1 étant le nombre de générations qui séparent B de X).
Le même calcul est fait pour la branche C-L comportant n2 générations.

Le coefficient de parenté entre K et L est le produit de ces trois probabilités : F(x) = (1/2)x(1/2)n1x(1/2)n2 = (1/2)n1+n2+1

S'il y a plusieurs ancêtres communs, il faudra calculer la consanguinité pour chaque ancêtre et les additionner.

Enfin, si l'ancêtre commun est lui-même consanguin (cas fréquent chez le chien), il faudra alors multiplier le résultat de la formule énoncée ci-dessus par (1+F(A))

La formule finale du calcul de consanguinité est la suivante :
COI(x) = S(1/2)1n+n2+1(1+F(A))

Avec S = la somme de tous les ancêtres.

Dans la pratique, pour calculer le COI d'un chien nous allons utiliser la méthode des chemins allant de son père, passant par l'ancêtre commun paternel et maternel et revenant à sa mère.
C'est la chaîne de parenté :
Une chaîne de parenté est par définition un trajet qui part d’un des parents pour arriver à
l’autre. Elle ne passe qu’une seule fois par un même individu.
Tous les chemins différents doivent alors être considérés dans le calcul du taux de consanguinité (COI)
Si 1 chien apparaît 3 fois au pedigree -> il y a 2 chemins à calculer et non pas 1.

 

Exemples :


Bririch Gold Edition, pedigree, cliquez ici

 

Cette boucle ayant Dazzler of Dunsinane comme ancêtre commun compte 3 éléments : Dazzler of Dunsinane, Royal Ace of Rokeby et Bririch Golden Belita.
Le COI de cette boucle sera 1/2 x 1/2 x 1/2 ou encore (1/2)3 = 0.125. Exprimé en pourcentage : 12.5%

Si le même ancêtre est présent plusieurs fois, il faudra additionner les différents chemins.
Exemple avec Leecroft Black Magic :


Leecroft Black Magic, pedigree, cliquez ici

 


Chaque chaîne de parenté compte 7 éléments (autant qu'il y a de flèches).
Le COI sera (1/2)7 x2 (les 2 chaînes de parenté) = 0.015625, ou encore, exprimé en pourcentage : 1,5625%

Autre exemple avec 2 ancêtres différents :


Lyncliffe Landseer, pedigree, cliquez ici

 

Chaque chaîne de parenté compte 4 éléments (autant qu'il y a de flèches).
Le COI pour chaque chaîne sera identique et égal à : (1/2)4 = 0.0625.
Il y a 2 chaîne de parenté, le COI total sera : 0.0625 x 2 = 0.125 soit 12,5%

Toutefois, il ne faut pas sous-estimer la difficulté de calculer un COI. Les exemples ci-dessus sont simples, alors que, parfois, ils sont d'une grande complexité.

Exemple complexe de calcul de COI avec le Smooth collie Jalonda's Jacanapes :
L'affichage du pedigree dans une mosaïque de cellules colorées montre qu'il y a beaucoup d'ancêtres communs. Un AVK de 61,54% le confirme.



Jalonda's Jacanapes (Ch), pedigree, cliquez ici

 

Mais quels sont les ancêtres qui contribuent à moduler le patrimoine génétique de Jalonda's Jacanapes ?
En cliquant sur le bouton "Coi ON" sous le pedigree (cerclé en rouge), nous allons mettre en évidence ces ancêtres.

.

Ils sont 2 et il y aura 2 chaînes de parenté à calculer :
Celle de Peterblue Leader et celle de Roxton Peterblue Zebbadee (arrière-grand-père maternel et paternel de Jalonda's Jacanapes).
Ce qui donne :


Jalonda's Jacanapes (Ch), pedigree, cliquez ici

 

Bien que Roxton Peterblue Zebbadee apparaisse 3 fois au pedigree, 1 seule chaîne (et non pas 2) sera retenue pour le calcul du COI. En effet, étant le père de Peterblue Leader, sa contribution génétique est absorbée par Peterblue Leader et ne doit pas être retenue. Par contre, père de Peterblue Catriona, cette chaîne de parenté a une incidence sur le bagage génétique hérité par Jalonda's Jacanapes et doit être calculée.

Calcul des 2 chaînes de parenté :

  1. La chaîne de parenté de Peterblue Leader (en bleu) contient 3 noms (autant que de flèches bleues) :
    COI de la chaîne Peterblue Leader = (1/2)3 = 0.125
    Peterblue Leader a lui-même un taux de consanguinité de 9,3750%. Il faut donc en tenir compte dans le calcul du COI de sa chaîne de parenté.
    La formule est (1/2)3(1+COI(Peterblue Leader)) -> COI de la chaîne Peterblue Leader = 0.125(1+0.09375) = 0.13671875
  2. La chaîne de parenté de Roxton Peterblue Zebbadee (en vert) contient 5 noms (autant que de flèches vertes) :
    COI de la chaîne Roxton Peterblue Zebbadee = (1/2)5 = 0.03125
    Roxton Peterblue Zebbadee a lui-même un taux de consanguinité de 1,5625%. Il faut donc en tenir compte dans le calcul du COI de sa chaîne de parenté.
    La formule est (1/2)5(1+COI(Roxton Peterblue Zebbadee)) -> COI de la chaîne Roxton Peterblue Zebbadee = 0.03125(1+0.015625) = 0.03173828

Le COI total de Jalonda's Jacanapes est la somme des 2 chemins de parenté : 0.16845703, ou, exprimé en pourcentage : 16,845703%

 

COIR (Coefficients of Inbreeding and Relationship) :

Il faut distinguer la parenté et la consanguinité :
- deux individus sont apparentés lorsqu'ils ont un ou plusieurs ancêtres communs.
- un individu est consanguin lorsqu'il est issu du croisement de deux individus apparentés.
Sewall Wright (généticien américain) a proposé une mesure différente de la parenté, le "coefficient of relationship" ou "coefficient of coancestry" qui est peut-être plus parlant. C’est une corrélation RXY qui tient compte des coefficients de consanguinité des individus considérés. Le COI est calculé sur un, ou des, ancêtre commun à la branche paternelle et à la branche maternelle. Sans ancêtre commun, il n'y a pas de consanguinité et le COI = 0, même si chacun des parents a un coefficient de consanguinité extrêmement élevé, auquel cas le COIR ne sera pas nul.
Le COIR que nous calculons tient compte de cette consanguinité propre à chaque branche du pedigree. Il aura donc toujours une valeur supérieure au COI.
Peu, ou pas, employé, nous avons conservé son calcul uniquement dans le pedigree lorsqu'il est affiché sur 6 générations.

 

Consanguinité et maladie récessive autosomique

Hardy, mathématicien et Weinberg, médecin, ont développé au début du XXème siècle un modèle théorique de la génétique des populations (Loi de Hardy-Weinberg) qui fait référence depuis.
Pour un gène autosomal (non lié au sexe), diallèlique (2 allèles) et codominant (les 2 allèles participent en commun à la détermination d'un trait de caractère) :
Les fréquences des allèles A1 et A2 du gène A sont nomées p, et q avec :
p est la fréquence de l'allèle A1, tel que 0 =< p =< 1
q est la fréquence de l'allèle A2, tel que 0 =< q =< 1
et p + q = 1
Comme il y a codominance, il y aura possibilité de 3 génotypes différents:
Homozygote pour A1 (A1A1)
Hétérozygote A1A2
Homozygote pour A2 (A2A2)
Dans le cas d'un accouplement au hasard, p étant la fréquence de l'allèle A1, la probabilité de produire après la fécondation un zygote A1A1 (apportés par chaque parent) est p x p = p². Calcul identique pour A2 (de fréquence q).
La probabilité de produire un hétérozygote est pq + pq = 2pq.

Règles génétiques [2]:
Soit une maladie de fréquence q² dans une population donnée :

Pour un individu non consanguin pris au hasard dans cette population :

Pour un individu consanguin (de COI noté F) :

Risque relatif d'avoir un enfant atteint d’une maladie autosomique récessive (de fréquence q²) dans un couple consanguin par rapport à la population générale :

Remarque :

Ces règles nous intéressent particulièrement puisqu'elles s'appliquent aux mutations récessives (la plupart des mutations), dont font parties celles qui affectent le Colley: MDR1, DM, CEA, PRA en particulier.

 

Prenons l'exemple de la DM :

La fréquence de la maladie (q²) chez le Colley (rough) est de l'ordre de 12%.
Dans le cas d'un mariage fait au hasard et qui n'est pas consanguin, le risque d'homozygotie pour la DM est de 12%.

Si q² = 0.12, alors q (fréquence allélique de la mutation) = 0.346
D'après la relation p+q=1, si q = 0.346, alors p = 0.654


Mariage cousin x cousine, la consanguinité est de 6,25% :

Le risque d'obtenir un chiot homozygote muté pour la DM est 1,11 fois plus important lors d'un accouplement moyennement consanguin (cousin - cousine COI=6,25%) que lors d'un accouplement sans consanguinité.
Un chiffre normal du fait d'un pourcentage d'homozygotie pour la DM très élevé chez le Colley. Le supplément de risque causé par la consanguinité diminue au fur et à mesure que la mutation est de plus en plus répandue dans une population. Ce supplément de risque va tendre vers 1 et l'atteindra lorsque l'ensemble de la population sera homozygote pour cette mutation.

Par exemple, Boxer ou Pembroke Welsh Corgi ont autour de 50% de chiens homozygotes mutés pour la DM.
q² = 0.5 donc q = 0.7 et p = 0.3
R = q² + Fpq = 0.5 + (0.0625 x 0.7 x 0.3) = 0.5131, soit 51,31% de risque d'homozygotie pour la DM en cas de mariage consanguin entre cousin - cousine. Le supplément de risque provoqué par ce mariage cousin - cousine est alors de 0.5131/0.5 = 1,026

 

Mariage demi-frère x demi-sœur, la consanguinité est de 12,5% :

 

Et chez le Smooth ?

La fréquence de la DM est nettement moindre : 2,3% (sur une base d'analyse réalisée par le laboratoire Slovgen de 174 Smooth collies)
Dans le cas d'un mariage fait au hasard et qui n'est pas consanguin, le risque d'homozygotie pour la DM est de 2,3%.

q² = 2.3/100 = 0.023
q = 0.151 et p = 0.849

 

Et pour une mutation faiblement présente dans une population, par exemple : l'APR

Sur 235 chiens testés et enregistrés dans la base de pedigree de Collie online, 11 (4,7%) sont hétérozygotes pour la mutation. Tous les autres sont indemnes.
En reprenant les formules de Hardy-Weinberg, si p² = 224 (chiens homozygotes normaux, et que p + q =1, alors q = 0.023684 et q² = 0.000560 (chiens homozygotes mutés).
La fréquence de l'APR (homozygotes mutés) serait actuellement de 0,056%.
Si q² = 0.000560, alors q = 0.023684738
Si q = 0.023684738, alors p = 0.976315262
Le risque d'homozygotie si le mariage est fait au hasard est de 0,056%.


Conclusion :

La consanguinité provoque un accroissement de la fréquence des homozygotes, et une diminution de la fréquence des hétérozygotes (fréquences génotypiques).
L'effet le plus caractéristique étant une augmentation de la morbidité pour les maladies autosomiques récessives.
C'est ce contre quoi doit lutter l'éleveur.

Plus la maladie est fréquente, plus le risque relatif causé par la consanguinité sera faible (mais plus le risque d'avoir des parents porteurs sera fort).
Dans le cas de mutations peu répandues, l'APR par exemple, le rôle pris par la consanguinité dans l'expansion de la mutation au sein de la population devient très important. Il y a 6 fois plus de risque d'homozygotie pour l'APR dans un mariage entre demi-frère - demi-sœur que dans un mariage non consanguin.

Les conséquences de la consanguinité à l’échelle d’une population :
Dans la mesure où la consanguinité accroît la probabilité d'homozygotie, il est facile de comprendre qu'elle accroît le risque de pathologie récessive résultant de la présence d'une éventuelle mutation morbide chez l'un des ancêtres communs du couple apparenté.
Le COI calcule la probabilité qu'un chien possède pour un gène donné deux allèles identiques par descendance. C'est à dire que le chien soit homozygote pour un trait particulier de sa physionomie ou de son aspect. Mais aussi, qu'il soit homozygote pour un allèle délétère entraînant une maladie qui pourrait être grave et mortelle.
S'appliquant à des maladies récessives autosomiques, les allèles délétères vont se répandre silencieusement en profondeur dans une race avant d'en laisser apparaître les effets dévastateurs lorsque la population d'homozygotes mutés deviendra suffisamment importante.
D'où la nécessité de connaître le statut génétique des reproducteurs pour les principales mutations affectant la race. Il est indispensable de les faire tester pour les mutations connues disposant d'un test de dépistage et, ensuite, faire les bons choix d'accouplements, afin d'éviter le risque de produire des chiots homozygotes mutés.

L'AVK aurait un seuil critique de 70% sous lequel il ne faudrait pas descendre (une donnée pour laquelle je n'ai aucune confirmation scientifiquement établie).
La FCI recommanderait que les COI ne dépassent pas 10%. Là aussi, je n'ai pas pu confirmer le chiffre.
Le Professeur Jean-François COURREAU (Service de Zootechnie, Ecole nationale vétérinaire d'Alfort) donne le chiffre d'un coefficient de consanguinité de 0,25 (25%) à ne pas dépasser.
Un chiffre qui semble excessif. 25% de consanguinité correspond à un mariage père x fille (ou mère x fils), ou frère x sœur.
L'expression de gènes récessifs est favorisée par de tels niveaux de consanguinité en l'absence de précautions préalablement à l'utilisation à grande échelle d'un étalon.
Concernant la DM, par exemple, il est possible de connaître le statut génétique d'un chien pour une mutation donnée si on connait le statut de leur descendance pour cette mutation. On découvre ainsi que certains étalons fortement utilisés en reproduction ces dernières décennies sont hétérozygotes pour la DM.
Ils ont transmis la mutation à la moitié de leur descendance qui se compte en centaines d'individus.
Aujourd'hui, une telle situation en devrait plus être possible si les reproducteurs étaient dépistés pour les mutations connues.

Le cas du Bulldog anglais est révélateur du risque qui plane sur toutes les races canines [4].
Arrivé au bout de l'évolution possible de sa race, brasser ses gènes (retrempe) devient pour lui une question de survie. Aux nombreux problèmes touchant son squelette, la race souffre d'allergies, de déficit immunitaire, et un certain nombre de maladies auto-immunes. Des problèmes immunitaires provoqués par une trop faible diversité génétique, notamment dans une région du génome où se trouvent des gènes impliqués dans la réponse immunitaire.
La dermatomyosite canine familiale (Familial canine Dermatomyositis) est une maladie héréditaire inflammatoire rare de la peau et des muscles chez des animaux jeunes, âgés le plus souvent de 2 à 6 mois. Initialement décrite chez le Colley et le Shetland, d'autres races sont également concernées : Chow-Chow, Labrador, Welsh Corgi, Beauceron, Bergers Australiens, Bergers de Beauce et Berger Allemand.
Leigh Anne Clark, scientifique américaine, mène actuellement des études sur la dermatomyosite canine familiale chez le Colley et le Shetland.
Elle a identifié 3 gènes de cette même région citée chez le Bulldog qui seraient impliqués dans l'apparition de la maladie.
Homozygote pour l'un d'eux (gène DLA-DQA1 [5]), le Colley pourrait bien souffrir d'une trop faible diversité génétique qui serait responsable, comme chez le Bulldog, de divers problèmes immunitaires comme la dermatomyosite canine familiale.
Des indicateurs, comme l'AVK ou le COI, renseignent sur la santé génétique d'une population, ou d'un seul animal. Ils mettent l'accent sur les ancêtres et l'héritage par filiation, mais pas sur la constitution génétique réelle des individus constituant la race.
En effet, l'augmentation régulière de l'AVK depuis 20 ans montre qu'un brassage génétique est intervenu suite aux événements que nous avons identifiés dans le paragraphe consacré à l'AVK. C'est une bonne nouvelle, mais ce changement d'évolution fait peut-être suite au phénomène inverse, à savoir une réduction des AVK causée par un système de reproduction en vase clos propre à chaque pays.
En génétique, ce phénomène est appelé goulet d'étranglement, bottleneck en anglais. Il y en a de nombreux, liés souvent aux conditions environnementales d'une période donnée. Par exemple : Le colley a failli disparaître pendant la 1ère guerre mondiale. La race s'est ensuite reconstituée à partir de quelques éléments seulement. Le même phénomène s'est reproduit avec la seconde guerre mondiale. A chaque fois les effectifs repartent ensuite à la hausse, mais avec des patrimoines génétiques réduits par la consanguinité causée par ces goulets d'étranglement.


Il apparaît vital de prendre en considération ces éléments le plus tôt possible, et ce, tant que la race conserve une population suffisamment importante.
L'exemple du Bulldog anglais doit nous faire réfléchir sur le risque inhérent au chien de race.


Au sujet de loi de Hardy-Weinberg :
Elle est utilisée universellement, et nous l'utilisons aussi.
Pourtant, ses principes ne s'appliquent pas vraiment au chien de race.
Elle s'applique à une population de dimension infinie où les unions se font au hasard (Panmixie).
Ces 2 considérations ne sont pas vérifiées chez le chien de race.
La force de la sélection provoquée par l'être humain est même beaucoup plus importante que ce que l'on pourrait croire.
Voici une anecdote sur l'élevage en France relevée suite à sondage réalisés auprès de clubs de race dans le cadre d'une thèse sur les pratiques de gestion génétique dans les clubs de race [1]
Est-il déjà arrivé qu'un mâle assure à lui seul plus de 50% des saillies d'une année?
Les présidents de 33 des 95 races renseignées ont donné une réponse positive, sous-entendant ainsi que certains mâles sont utilisés excessivement pour la reproduction. Ces chiffres concernent principalement des races à petits effectifs (=<5000). Cependant, il semblerait que les races de grand effectif exercent une pression de sélection plus importante en mettant à la reproduction un nombre de géniteurs proportionnellement plus faible que dans les races d'effectif moyen.

 

Références:

 

 

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