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Cette page a fait l'objet d'une évaluation par le laboratoire de biotechnologie
GENINDEXE

Mise à jour: 22-08-2007

 

 

 

 

 

 

 

 

 

L'empreinte génétique.

En cartographie génétique, le marqueur est utilisé pour "baliser" le génome.
Répartis plus ou moins régulièrement sur l'ADN à raison de 1 toutes les 30 000 bases en moyenne, ils jouent le rôle des bornes kilométriques de nos routes.

Nous l'avons vu dans la page précédente, un marqueur microsatellite est un enchaînement de quelques bases (1 à 6) qui se répète un certain nombre de fois. Il est entouré par des séquences uniques de bases dans lesquelles on définit des portions d'une vingtaine de nucléotides appelées amorces.

Ce sont elles qui permettent de cibler les microsatellites lors de la réaction d'amplification des microsatellites (réaction PCR). La réalisation d'une empreinte génétique consistera à amplifier une série ou un panel de microsatellites d'intérêt, puis à analyser la taille ou longueur (en paire de bases pb) de chaque microsatellite amplifié (cette taille déterminée à la base près reflète directement le nombre de répétitions du motif de base du microsatellite).

Par conséquent, plus le nombre de microsatellites analysés est important, plus l’identification est fiable; à condition que ces microsatellites soient suffisamment polymorphes (taux de variabilité important d'un individu à l'autre).

Regroupés au sein de l'ISAG (International Society of Animal Genetics) de nombreux laboratoires de biogénétique confrontent leurs travaux et réunissent leurs efforts dans des programmes de recherche internationaux.
Aujourd’hui, les panels de marqueurs microsatellites qui servent de base aux identifications génétiques réalisées dans le monde entier sont ceux proposés par la communauté scientifique internationale via l’ISAG. Pour l'identification génétique canine, la norme ISAG est basée sur un panel de 22 marqueurs microsatellites (dont le marqueur Amelogenine déterminant du sexe) qui vont permettre d'établir une empreinte génétique ou profil propre à chaque animal et de confirmer ou non la compatibilité génétique entre deux profils génétiques (dans le cadre de contrôle d'ascendance).

 

L'ISAG:


L’International Society for Animal Genetics (ISAG) est le point de rencontre et d’échange d’informations, résultats, applications scientifiques, etc... Concrètement, elle organise des groupes de travail contribuant à faire progresser la recherche fondamentale en génétique animale. L’ISAG est, entre autres, à l’origine de la validation, l’actualisation des panels de marqueurs microsatellites destinés aux contrôle de filiation Bovins, Equins, Canins, Félins,… Aujourd’hui, la communauté scientifique et les laboratoires d’analyse se basent sur les normes ISAG pour leur intérêt, leur crédit scientifique et leur pertinence.
Certains laboratoires en France participent activement aux travaux de l'ISAG. Comme Corinne CHERBONNEL, Docteur en Génétique et Directrice Scientifique du Laboratoire GENINDEXE qui est aussi membre actif de l'ISAG.
GENINDEXE en tant que membre institutionnel de l’International Society for Animal Genetics (ISAG) participe à des tests inter laboratoires afin de :

  • Valider des tests ADN sur un nombre grandissant d’espèces
  • Mettre au point de nouveaux tests génétiques
  • Contrôler les performances du laboratoire
  • lien web: http://www.isag.org.uk/

La comparaison de profils génétiques permet théoriquement la certification irréfutable des pedigrees. Néanmoins, le choix du panel de marqueurs microsatellites utilisé va déterminer la qualité et la fiabilité de l’analyse. Le panel ISAG est aujourd’hui le plus exhaustif et le plus récent. Mais il est aussi évolutif. Il est donc important de s'assurer, avant de confier à un laboratoire précis des travaux d'identification, que ce laboratoire actualisera si nécessaire les identifications déjà réalisées et qu'il détient en propre. Pour sa part, Genindexe analyse un 23ème marqueur qu'il rajoute au panel des 22 marqueurs définis par l'ISAG. Ce marqueur a été choisi en raison de ses propriétés polymorphes très importantes.

Réalisation de l'empreinte génétique:






 

Et dans la réalité:

Voici l'empreinte génétique d'un Colley. Pour la clarté et une meilleure compréhension du tableau nous n'avons pas mentionné toutes les valeurs de tous les marqueurs retenus pour établir l'empreinte.
Seulement 14 des 22 (ou même maintenant 23) marqueurs figurent dans le tableau ci-dessous. Le principe est exactement le même pour tous. Vous retrouverez certains marqueurs que nous avons utilisés dans cette rubrique à titre d'exemples: AHTK253, FH2848 et FH2054.

Les valeurs reportées pour chaque marqueur microsatellite correspondent directement à la taille ou longueur des microsatellites amplifiés (en pb). Ces valeurs sont nommées allèles et sont au nombre de deux: un allèle reçu du père et un allèle reçu de la mère.
Pour un microsatellite donné, lorsque les deux allèles sont identiques (cas de AHT121 allèles 100/100), l'individu est dit homozygote pour le marqueur microsatellite. Lorsque les deux allèles sont différents (cas de AHT253 allèles 288/292), l'individu est dit hétérozygote pour le marqueur microsatellite.

Marqueurs AHTk253 AHT121 FH2054 CXX279 INRA21 AHTk211 REN169O18
Génotype
du chien
288/292 100/100 178/180 126/126 91/91 95/95 160/166
Marqueurs REN64E19 REN169D01  FH2848 AHT137 REN247M23  INU055  Amelano
genin 
Génotype
du chien 
143/143 216/216  232/234 147/147 266/268 210/218  X/Y 

Cette empreinte a été réalisée par le laboratoire de biotechnologie GENINDEXE qui a mis à notre disposition documents et photos pour la réalisation de cette étude. Nous les remercions vivement.
Ils proposent de nombreux autres tests génétiques, dont le dépistage de MDR1. Un dossier complet sur MDR1 est disponible sur Collie online, vous pouvez le consulter en cliquant ici

GENINDEXE - Laboratoire d'Analyses Génétiques

6, rue des sports
17000 LA ROCHELLE
Tél : 05.46.30.69.66
Fax : 05.46.30.69.68

www.genindexe.com   -   contact@genindexe.com

 

 

La filiation.

Les tests d’identité ou de paternité utilisent la particularité des microsatellites qui, comme nous l’avons vu, présentent une grande variabilité (polymorphisme) au sein d'une population. La probabilité de trouver deux animaux portant la même empreinte génétique est quasi-nulle, ce qui revient à dire que le génotype d’un animal est unique et constitue sa “signature” individuelle ou sa “carte d’identité” génétique.

Etablir une filiation ne sera possible que si tous les animaux disposent de leur empreinte génétique. A partir d'une empreinte isolée il est bien évidemment impossible de recomposer le pedigree, ou les ascendances d'un animal en particulier. La filiation permet d'authentifier les parents d'un chiot, ou des chiots d'une portée. Elle permet alors de garantir et valider le pedigree des chiots.

 

Non concordance d'empreinte.

Les marqueurs retenus pour établir les empreintes génétiques le sont pour leur particularité d'être polymorphes tout en étant relativement stables. Ils sont très variables d'un animal à un autre, ou d'un individu à un autre: c'est le polymorphisme. Mais ils ne connaissent pas souvent de mutation: Donc ils se transmettent fidèlement entre les générations.
C'est vrai dans la grande majorité des cas. Cependant, il arrive parfois qu'un marqueur chez un chiot ne soit pas identique à celui qui aurait dû être transmis par les parents. Dans ce cas, pour un seul marqueur différent, la filiation peut tout de même être certifiée.

 

La filiation par un exemple concret.

Voici les empreintes génétiques de 3 colleys, un mâle (le père), une femelle (la mère) et un chiot issu de l'union du mâle et de la femelle. Ces 3 empreintes peuvent facilement être comparées et la filiation peut alors être confirmée, ou infirmée. L'exemple ci-dessous est réel. Nous n'avons pris que 9 marqueurs pour améliorer la lisibilté et faciliter la comparaison des résultats.

Marqueurs AHTk253 AHT121 FH2054 AHTk211 REN169O18 REN64E19 FH2848 AHT137 REN247M23
Génotype
du mâle
288/292 100/100 178/180 95/95 160/166 143/143 232/234 147/147 266/268
Génotype
de la femelle
288/288 100/100 176/178 95/95 160/160 143/143 234/242 137/147 266/266
Génotype
du chiot
288/288 100/100 178/180 95/95 160/160 143/143 232/234 137/147 266/266

 

Chaque chiot aura son empreinte unique.

 

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